Phylogenetic genomics and adaptive evolution of the genus Trachypithecus
Phylogenetic genomics and adaptive evolution of the genus Trachypithecus
Zhijin Liu , Fang Dong
The divergence between limestone and forest langurs was estimated to have occurred at ~2.90 Mya (95% HPD 2.23–3.56). Phenotypically, the limestone langurs exhibit generally black fur coloration, while the forest langurs are predominantly gray pelage coloration. As melanocortin 1 receptor (MC1R) is a critical regulator of melanin pigment formation during pelage development, we first examined the MC1R gene in both limestone and forest langurs. We found one amino acid substitution (E94D) of the MC1R in all limestone langurs, but not in any forest langurs. To further explore the effects of the substitution E94D of MC1R on melanin synthesis in limestone langurs, we evaluated MC1R activity by in vitro cyclic adenosine monophosphate (cAMP) assays of MC1R-94E and MC1R-94D. We measured the production of intracellular cAMP in response to different concentrations of α-MSH with MC1Rs from four primate species (Homo sapiens, Macaca mulatta, T. francoisi and T. phayrei), respectively (Fig 4). All MC1Rs showed a dose response to increasing concentrations of a-MSH. With increasing concentrations of α-MSH, the cells showed an increasing production of cAMP. MC1R of limestone langurs (T. francoisi) exhibited significant higher level of basal cAMP production compared to forest langurs (T. phayrei) and other primates (H. sapiens and M. mulatta) (P value < 0.01).
R2-A6 代:南本 敬史 協:永井 裕司 協:小山 佳 協:堀 由紀子 協:三村 喬生
脳活動制御とイメージングの融合技術開発
論文 Nagai Y, Miyakawa N, Takuwa H, Hori Y, Oyama K, Ji B, Takahashi M, Huang XP, Slocum ST, DiBerto JF, Xiong Y, Urushihata T, Hirabayashi T, Fujimoto A, Mimura K, English JG, Liu J, Inoue K, Kumata K, Seki C, Ono M, Shimojo M, Zhang MR, Tomita Y, J Nakahara, Suhara T, Takada M, Higuchi M, Jin J, Roth BL, Minamimoto T(2020) Deschloroclozapine, a potent and selective chemogenetic actuator enables rapid neuronal and behavioral modulations in mice and monkeys. Nature Neuroscience 23:1157–1167. 謝辞あり
Analysis of microRNA derived from long interspersed nuclear element (LINE) in primates
学会発表 Woo Ryung Kim, Hiroo Imai, Heui-Soo Kim Expression Analysis of MicroRNA-21-5p and 221-3p in Chimpanzee(2020.08.06) he 62th Annual Meeting and International Symposium of Korean Society of Life Science(Gyeong-ju,Republic of Korea).
Woo Ryung Kim, Hiroo Imai, Heui-Soo Kim Molecular Characterization of MicroRNA-887-3p Derived from Long Interspersed Element in Chimpanzee(2020.10.15) The 29th international KOGO Annual eConference Frontiers in integrative Genomics and Translational Medicine(Online).
Woo Ryung Kim, Hiroo Imai, Heui-Soo Kim Expression and Target Gene Analyses of miR-21-5p and miR-221-3p in Chimpanzee(2020.10.15) The 29th international KOGO Annual eConference Frontiers in integrative Genomics and Translational Medicine(Online).
Woo Ryung Kim, Hiroo Imai, Heui-Soo Kim Expression and Bioinformatic Analyses of MicroRNA-887-3p in Chimpanzee(2020.10.22) The 75th Annual Meeting of the Korean Association of Biological Sciences(Online).
Woo Ryung Kim, Hiroo Imai, Heui-Soo Kim Expression and Bioinformatic Analysis of MicroRNA-21-5p and 221-3p in FOXP2(2020.10.22) The 75th Annual Meeting of the Korean Association of Biological Sciences(Online).
Woo Ryung Kim, Hiroo Imai, Heui-Soo Kim Expression and Bioinformatic Analysis of microRNA-887-3p Derived from Long Interspersed Element in Pan troglodytes(2020.11.26) International Conference of the Genetics Society of Korea 2020 & 7th Asia-Pacific Chromosome Colloquium(Pusan,Republic of Korea).
Woo Ryung Kim, Hee-Eun Lee, Hiroo Imai, Heui-Soo Kim Expression and Bioinformatic Analysis of miR-21-5p, miR-221-3p in FOXP2(2020.11.26) International Conference of the Genetics Society of Korea 2020 & 7th Asia-Pacific Chromosome Colloquium(Pusan,Republic of Korea).
Woo Ryung Kim, Hiroo Imai, Heui-Soo Kim Expression and Bioinformatic Analyses of miR-887-3p in Pan troglodytes(2020.12.02) The Korean Society for intergrative biology (Online).
Woo Ryung Kim, Hiroo Imai, Heui-Soo Kim Molecular characterization of MicroRNA-21-5p and MicroRNA-221-3p in FOXP2(2020.12.02) The Korean Society for intergrative biology (Online).
Analysis of microRNA derived from long interspersed nuclear element (LINE) in primates
Heui-Soo Kim , Woo Ryung Kim
Transposable element (TE), which jumps around another region of genome, can be alternative enhancer, promoter and generate some microRNAs (miRNAs). MicroRNA is short single strand RNA (ssRNA) that is about 22 nucleotides in length. The miRNA binds to 3’ untranslated and regulates the expression of target messenger RNA (mRNA). The miRNA also plays a crucial role in several biological processes at the post transcriptional level. MicroRNA-588, miR-887-3p, miR-582-5p and miR-1825 are derived from long interspersed element (LINE), which is group of non-long terminal repeat retrotransposons and account for approximately 21% of human genome. The expression patterns of miRNAs were analyzed in various tissue samples of chimpanzee (Pan troglodytes) that has considerable genetic similarities with human. MicroRNA-887-3p and miR-582-5p were highly expressed in spleen and the highest expression of miR-588 was identified in kidney of chimpanzee. Especially, miR-1825 which regulates progression of several cancers and other diseases is highly expressed in colon. Bioinformatic analyses about miR-1825 were also conducted by using several bioinformatic tools. Common target genes of miR-1825 were chosen by four databases of target gene prediction, including TargetScan, miRDB, miRWalk, miRPathDB. For the additional study, target gene of miR-1825 will be selected and its expression patterns in chimpanzee will be analyzed.
論文 Itoh, T.D., Takeya, R. & Tanaka, M.(2020) Spatial and temporal adaptation of predictive saccades based on motion inference. Sci Rep 10:5280 . 謝辞なし
Tanaka, M., Kunimatsu, J., Suzuki, T.W.,Kameda, M., Ohmae, S., Uematsu, A. & Takeya, R. Roles of the cerebellum in motor preparation and prediction of timing. Neuroscience AOP(https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32360700). 謝辞なし
論文 Noritake, Atsushi. Ninomiya, Taihei. Isoda, Masaki.(2021) Subcortical encoding of agent-relevant associative signals for adaptive social behavior in the macaque Neuroscience & Biobehavioral Reviews 125:78-87.
スペイン・Pompeu Fabra Universityのトーマス・マルケス博士とのゲノム解析の共同研究として、2019-2021年の3年間に600以上の霊長類ゲノムの決定を目指す同研究機関での"Primate Genome Sequencing in Search for Insights on Classifying Disease Variants"プロジェクトに参加している。2020年度は、全ゲノムシーケンス用のライブラリー作製の条件検討の試行として8種(ボルネオオランウータン、スマトラオランウータン、ゴールデンマンガベイ、アジルマンガベイ、アボリビアリスザル、シロガオマーモセット、アザラヨザル、ボリビアハイイロティティ)について、ライブラリーを作成し、そのうち6種についてマルケス研究室に送付した。シーケンス結果を待ち、本格実施を進めていく。一方、感覚系遺伝子にフォーカスした適応進化解析に向け、1)別プロジェクトで決定したノドジロオマキザルの全ゲノムシーケンスデータから色覚オプシン、嗅覚受容体(OR)、鋤鼻受容体(VR)、味覚受容体(TASR)遺伝子の配列解析を行って論文発表し(PNAS 118(7): e2010632118)、2)target captureと次世代シーケンスによるオナガザル科と広鼻猿類のORとTASR遺伝子の解析について学会・研究会で発表した。
R2-A28 代:狩野 文浩 協:山本 晋也 協:James Brooks
アイ・トラッキングを用いたチンパンジーの社会認知の比較研究
論文 Brooks, James, Kano, Fumihiro, Sato, Yutaro, Yeow, Hanling, Morimura, Naruki, Nagasawa, Miho, Kikusui, Takefumi, Yamamoto, Shinya(2021) Divergent effects of oxytocin on eye contact in bonobos and chimpanzees Psychoneuroendocrinology 125:105119. 謝辞We thank the staff and apes at Kumamoto Sanctuary for their assistance in conducting the experiments and Nozomi Hirayama for her help in analyzing the urinary oxytocin samples. We also thank S.H. Brosnan for providing constructive comments on our manuscript. Financial support came from Japan Society for Promotion of Science [KAKENHI 20H05000, 18H05072, 19H01772 to FK, 18H02489 to MN, 19H00972 to TK, 19H00629 to SY] and Kyoto University Leading Graduate Program in Primatology and Wildlife Science.
The Bossou Archive Project aims to digitise and catalogue video footage of wild chimpanzees from Bossou, Guinea, from over 30 years of fieldwork, and implement a framework for researchers to access and analyse this data. Recently, a key result of the Bossou Archive project was the development of the artificial intelligence (AI) to automatically track and identify chimpanzees using deep neural networks (CNNs) (Schofield et al. 2019 https://advances.sciencemag.org/content/5/9/eaaw0736). Using the output of this system, a new publication is in prep for analysing the Bossou chimpanzees social networks over 17 years of the archive (Schofield et al, in prep). In addition to this work, collaboration with Oxford University engineering (VGG) we have developed full body and behaviour recognition (Bain et al., in review, Science Advances). The cooperative research project has supported Amazon Web Services storage costs for the archive - additional funding is being sought for development a web-framework to allow for easier access for researchers, enable remote collaboration and annotation of the Bossou archive, and promote the next phase of development for new automated methods.
論文 Blickhan R. Andrada E. Hirasaki E Ogihara N.(2021) Trunk and leg kinematics of grounded and aerial running in bipedal macaques Journal of Experimental Biology 224:jeb225532.
加齢に伴う循環器系の内臓のカルシウム、リン、マグネシウム、硫黄、鉄、亜鉛など元素蓄積の特徴を明らかにするため、サルの心臓の元素含量の加齢変化を調べた。用いたサルは19頭、年齢は新生児から29歳までである。サルより心臓を乾燥重量100mg程度採取し、水洗後乾燥して、硝酸と過塩素酸を加えて、加熱して灰化し、元素含量を高周波プラズマ発光分析装置(ICPS-7510、島津製)で測定し、次のような結果が得られた。 ① すべてのサルの心臓のカルシウム含量は1.5mg/g以下であり、平均含量は0.54mg/gであった。サルの心臓は石灰化しにくい内臓であることが分かった。 ② 年齢とリン含量の相関係数は-0.773(p = 0.0001)であり、加齢とともにサルの心臓のリン含量が有意に減少することを明らかにした。 ③ 年齢と硫黄含量の相関係数は-0.564(p = 0.012)であり、サルの心臓の硫黄含量が加齢とともに有意に減少することを明らかにした。 ④ 年齢と亜鉛含量の相関係数は-0.462(p = 0.047)であり、サルの心臓の抗酸化作用をもつ亜鉛含量が加齢とともに有意に減少することを明らかにした。
論文 Matsuda I, Stark DJ, Saldivar DAR, Tuuga A, Nathan SKSS, Goossens B, van Schaik CP, Koda H( 2020) Large male proboscis monkeys have larger noses but smaller canines Communications Biology 3( doi: 10.1038/s42003-020-01245-0). 謝辞あり
論文 Nozaki, S., Amano, H., Oishi, M, Ogihara N(2021) Morphological differences in the calcaneus among extant great apes investigated by three-dimensional geometric morphometrics Scientific Reports 11:20889. 謝辞あり
Negishi T, Ito K, Hosoda K, Nagura T, Ota T, Imanishi N, Jinzaki M, Oishi M, Ogihara N (2021) Comparative radiographic analysis of three-dimensional innate mobility of the foot bones under axial loading of humans and African great apes Royal Society Open Science 8:211344. 謝辞あり
Reexamination of species classification and phylogeography in tarsiers (Tarsius spp.) from Sulawesi by mtDNA markers
Reexamination of species classification and phylogeography in tarsiers (Tarsius spp.) from Sulawesi by mtDNA markers
Wirdateti
In the fiscal year of 2021, I could not visit the Primate Research Institute due to the pandemic of Covid-19, so I could not carry out the planned experiment for Tarsius. Therefore, we had a meeting by email with Dr. Tanaka, the corresponding researcher, about the strategy of experiment of phylogenetic analysis of Tarsius, and the application for Cooperative Research Program in 2021.
学会発表 Hasegawa, A., Murata, M., Fujikawa, T., Nagano, Y., Akari, H., Kannagi, M. Restoration of impaired STLV-1-specific CTL response in STLV-1-infected Japanese macaques by a CTL-based vaccine. (2020年10月1-3日 ) 第79回日本癌学会学術総会(広島(WEB開催)).
論文 Tetsuya Sasaki, Yusuke Komatsu, Tetsuo Yamamori( 2020) Expression patterns of SLIT/ROBO mRNAs reveal a characteristic feature in the entorhinal-hippocampal area of macaque monkeys. BMC Res Notes. 13( 1): 1-6.. 謝辞 あり
Tetsuya Sasaki, Yosuke Takei(2020) Localization Mechanism of Myosin Id, an ASD Risk Gene Product in Dendritic Spines Japanese Journal of Biological Psychiatry 31(2):93-97.
Sasaki T, Tome S, Takei Y.( 2020) Intraventricular IL-17A Administration Activates Microglia and Alters Their Localization in the Mouse Embryo Cerebral Cortex. Mol Brain. 13(93):1-6. 謝辞なし
学会発表 Tetsuya Sasaki Cortical area specificity of dendritic spine morphology in primates(2020-09-11) 2020 Technical Training Meeting for Young Investigator Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas ― Platforms for Advanced Technologies and Research Resources/(on line).
Tetsuya Sasaki; Peiryi Bao; Yosuke Takei Effects of interleukin 17A on cortical architecture and the involvement in ASD pathology.(2020.09.10-12) The 63rd Annual Meeting of the Japanese Society for Neurochemistry(Hachioji (held on line)).
Peiyi Bao, Tetsuya Sasaki, Yosuke Takei. Localization of Myosin Id, an ASD Risk Gene Product in Dendritic Spines.(2020.07.31-08.01. ) The 43rd Annual Meeting of the Japan Neuroscience Society. (Kobe (Held on line).).
霊長類の大脳皮質は機能分化が進んでおり、複数の「領野」に区分される。その神経回路は、生後発達期に大規模な再編成がなされて機能的領野が形成される。霊長類の神経回路発達過程にニューロン、グリア細胞が果たす役割を詳細に検討するために、細胞種特異的な遺伝子発現解析、エピジェネティクス解析を計画した。本年度は、コロナ禍のため、霊長類研究所との往来が制限された。2018年度の共同利用研究によりアカゲザル2頭の脳組織を採材したものを用いて、凍結組織からの効率の良い細胞分離法を模索している。また軸索誘導因子SLITとその受容体ROBOがマカクザル嗅内皮質_海馬周辺領域に特徴的な層分布をもって発現していることを見出し査読付き論文として発行した(Sasaki et al., 2020)。
R2-B34 代:伊藤 浩介 協:酒多 穂波
サル類における聴覚事象関連電位の記録
サル類における聴覚事象関連電位の記録
伊藤 浩介 , 酒多 穂波
これまで継続して来た共同利用・共同研究により、マカクザルの頭皮上脳波記録の方法論が完成し、質の安定した聴覚事象関連電位の記録が可能となった。一方、マーモセットの脳波記録では、①頭部面積が小さく電極の設置が難しいことや、②頭皮の皮脂の多さによる電極インピーダンスの増大などの問題が明らかになった。これらの要因により、電極設置に時間がかかり、電極数を増やせず、脳波記録が安定しないなどの問題が生じていた。 そのため、これらの問題の解決を目的とした技術開発を行ってきたが、一昨年度(2018年度)に、電極の設置について、これまでにないまったく新しい発想の方法を考案し、これにより電極設置の迅速化(従来より75%の時間短縮)、電極の高密度化(7 ㎜の電極間距離で設置可能)、脳波記録の質の安定化が達成された。昨年度(2019年度)は、この新しい電極設置方法を利用して、マーモセットの聴覚誘発電位記録を行い、世界初の報告として原書論文にまとめて投稿したが、すぐには受理されなかった。 そこで本年度は、この論文を改訂して再投稿し、最終的にはHearing Research誌(IF 3.69)に受理された(Itoh et al., in press)。さらに、これまでに収集した複数種類の実験におけるヒト・アカゲザル・マーモセットの聴覚誘発電位データに、他から提供された、既報のチンパンージの脳波データの再解析を加えることで、霊長類4種の比較を行い、論文にまとめている。
論文 Emura K, Hirasaki E, Arakawa T(2020) Muscle–tendon arrangement and innervation pattern of the m. flexor digitorum superficialis in the common marmoset (Callithrix jacchus), squirrel monkey (Saimiri sciureus) and spider monkey (Ateles sp.). J Anat . 謝辞あり
共同利用研究で貸与を受けたリスザルとクモザルの液浸標本を用いて、前腕屈筋群、特に浅指屈筋の起始・停止、支配神経パターンを解析した。その成果はJournal of Anatomyに掲載となった(Emura et al., 2020, 謝辞あり)。また、下腿屈筋群の支配神経パターンを解析した。ヒラメ筋と足底筋の間の支配神経パターンの近縁性を見いだし、それをもとに、ヒラメ筋と足底筋の系統発生を考察し、ヒトにおいてみられる足底筋の退縮は、実は退縮ではなく、ヒトにおけるヒラメ筋の発達に伴い、ヒラメ筋の羽状筋部に近い足底筋が多くの例で現存するに至っている可能性について提唱したい。本成果は第36回日本霊長類学会大会で発表し、最優秀口頭発表賞を受賞した。現在論文準備中である。次年度は対象部を上腕と大腿部へとつなげ、鎖骨下筋と肩甲帯の関係、大腿二頭筋短頭についても同様に解析を行っていきたい。
R2-B37 代:三浦 智行 協:阪脇 廣美
複合ワクチネーションによるSIVの感染防御効果の解析
論文 Pisil, Y., Yazici, Z., Shida, H., Matsushita, S., and Miura, T. (2020) Specific substitutions in region V2 of gp120 env confer SHIV neutralisation resistance. Pathogens 9:181.
Nakamura-Hoshi, M., Takahara, Y., Ishii, H., Seki, S., Matsuoka, S., Nomura, T., Yamamoto, H., Sakawaki, H., Miura, T., Tokusumi, T., Shu, T. and Matano, T.(2020) Therapeutic vaccine-mediated Gag-specific CD8+ T-cell induction under anti-retroviral therapy augments anti-virus efficacy of CD8+ cells in simian immunodeficiency virus-infected macaques. Sci. Rep. 10(1):11394.
今年度はCovid-19感染症大流行の為、霊長類研究所での新規の血管造影CT撮影は実施出来なかった。しかし前年度までに得られたDATAに基づいて、所内対応者と連絡を取りつつ新たな解析を行うことで研究を推進することが出来た。その研究成果の第一段階は、令和3年3月に開催されたthe 126th Annual Meeting of The Japanese Association of Anatomistsにおいて報告した。Venae cerebri internae (VCI, internal cerebral veins)に関しては、我々が調べたMacaca fuscata fuscata (Mff,)では8例全例で、その末梢側はVena magna cerebri Galeni (VMCG, Great cerebral vein of Galen or Galen's vein)に向かっていた。humansに比べて、Mffの場合は、VCIがつながるVMCGは、Sinus rectusとの角度が比較的緩やかで、かつ、VCIより下部は、Vena basalis Rosenthali (Rosenthal's basal vein)との間の空間に血管が少ないので、結果的に見やすく成っている。MffのありふれたRosenthal's basal veinの末梢側の流出先は、humansとは異なり、Sinus sigmoideusに向かうが、流入路・流出路の両方を詳細に調べると変異が多い。Foramen jugularis (FJ)通過前後のSinus sigmoideus (SSG) からVena jugularis interna (VJI)への血管の屈曲が、Mffとhumansとで非常に異なる点に関しては、直接的な原因は両種のFJのcranial base における三次元的な形状の違いに由来すると考えられるが、humansに於ける極端な屈曲の増加がもたらす機能的意義に関しては、更に検討を進める必要性を感じた。
論文 Rollyn Labuguen, Jumpei Matsumoto, Salvador Negrete, Hiroshi Nishimaru, Hisao Nishijo, Masahiko Takada, Yasuhiro Go, Ken-ichi Inoue, Tomohiro Shibata(2021) MacaquePose: A novel ‘in the wild’ macaque monkey pose dataset for markerless motion capture. Frontiers in Behavioral Neuroscience. 14:581154. 謝辞あり
学会発表 S. Blanco Negrete, R. Labuguen, J. Matsumoto, Y. Go, K. Inoue, T. Shibata Multiple Monkey Pose Estimation Using OpenPose.(2021.1.11) 25th International Conference on Pattern Recognition (ICPR 2020).(オンライン開催; 当初予定:Milan, Italy).
サル用マーカーレスモーションキャプチャーソフトウェアの開発
松本 惇平 , 柴田 智広, 三村 喬生
本研究では、最新の機械学習アルゴリズム(深層学習など)を用いて、任意の画像および映像内のサルの姿勢を推定するソフトウェアを開発を目指す。これまで(2018-2019年)霊長類研究所や複数の動物園でマカクサルの画像を合計計約2万頭分を収集し、画像上の特徴点(手足の位置など)をラベル付けした大規模教師データを作成した。このデータをもとに機械学習で訓練された姿勢推定ソフトを用いて、所内対応者の井上助教が所持するパーキンソン病モデルマカクサルの実験映像を解析し、運動機能等の評価を行った。3年目の2020年度では、まず、大規模教師データで訓練したソフトの詳しい性能評価を行い、結果をデータセットと共に論文として発表した(図A; Labuguen et al., 2021)。また、データセットおよび訓練済みネットワークモデルを霊長類研究所HP上で公開した(www.pri.kyoto-u.ac.jp/datasets/macaquepose)。次に、複数個体の姿勢推定が可能なOpenposeアルゴリズムを上記のデータセットで訓練し、複数のマカクサルの姿勢を同時推定することを試みた(図B; Blanco et al., 2021, ICPR 2020)。この結果、良好な結果が得られたものの、これまで行ってきた単一個体の推定結果比べるとまだノイズが多く、さらなる改良が必要と考えられた。最後に、同期した複数のカメラでサルを撮影することで、3次元的な姿勢の復元や複数個体姿勢推定の性能改善に役立つ、マルチカメラシステムの構築を行うとともに、得られた複数視点の画像から単一個体の3次元姿勢の復元するソフトを開発した(図C)。今後はマルチカメラシステムでデータ収集を行い、このデータをもとに複数個体の社会行動などを解析が可能な3次元マーカーレスモーションキャプチャーソフトの開発を目指す。本研究で開発中のソフトウェアは、姿勢や動作の解析から、運動機能や情動、行動意図、社会行動を客観的・定量的に評価することを可能にし、種々の脳機能の研究や野外生態調査、サルの健康管理など多くの分野への貢献が期待される。
Genetic characterization of bitter taste receptors in Sulawesi macaques
学会発表 Widayati KA, Xiaochan Y, Suzuki-Hashido N, Itoigawa A, Fahri F, Terai Y, Suryobroto B , Imai H Characteristics of Bitter Taste Receptor TAS2R38 in Macaca maur(25-27 November 2020) International Conference of the Genetics Society of Korea 2020 & Asia-Pacific Chromosome Colloquium 7( Bexco, Busan, Korea).
Genetic characterization of bitter taste receptors in Sulawesi macaques
Kanthi Arum Widayati , Yohey Terai
This research aims to characterize genetic information of TAS2R38 taste receptors in seven allopatric species Sulawesi macaques. In previous studies, we characterized the function of TAS2R38 in four allopatric species of Sulawesi macaques in Sulawesi Island from Central to Northern Sulawesi. We found variation of response of TAS2R38 to synthetic phenylthiocarbamide (PTC) with functional divergence among species. We detected a shared haplotype in all four Sulawesi macaques, which may be Sulawesi macaques' ancestral haplotype. In addition to shared haplotypes among Sulawesi macaques, other TAS2R38 haplotypes were species-specific. In the present study, we will expand our samples to the Southern part of Sulawesi to determine whether this variation exists in the South Sulawesi macaque species. We predict that some of the TAS2R38 South Sulawesi macaques will have some different genetic backgrounds compared to the North Sulawesi macaques due to geographical separation and different types of soil and may reflect in the vegetation. We found one type of mutation responsible to PTC non-sensitive in M. maura. The mutation is shared between M. maura and M. tonkeana. The previous study showed that each species has a specific PTC-non-sensitive genotype that we predict exists after speciation. We expect so does M. maura. Since last year, we could not finish the genetic analysis due to Covid-19 pandemic situation. Therefore this year, we will continue to analyze the rest of the sample to determine the genetic background underlying the differences in their phenotypes variations.
学会発表 Bambang Suryobroto Evolutionary Deployment of Sulawesi Macaques(November 25-27, 2020) Genetics Society of Korea(BEXCO Busan, Korea).
Genomic Evolution of Sulawesi Macaques
Bambang Suryobroto
Monkeys live in Sulawesi Island (Central Indonesia) are classed into seven species of genus Macaca. They are M. nigra, M. nigrescens, M. hecki, M. tonkeana, M. maurus, M. ochreata, and M. brunnescens. As the seawater gap between Sunda Shelf and Sulawesi Island had never been closed so that their ancestor should cross the Wallace Line to come to the Island, Sulawesi macaques become a good model for evolutionary speciation and differentiation.
The question of which species has the same most recent common ancestor as Sulawesi macaques is approached by comparing the single-nucleotide variants (SNV) in 0.5 million sites in exomes of Sulawesi macaques and M. nemestrina, M. sinica, M. fascicularis, and M. mulatta. We found that, firstly, the Sulawesi macaques are monophyletic, and we confirmed that it is with M. nemestrina that they share a common ancestor.
We follow the model of speciation with gene flow and trace the demographic history of M. tonkeana and M. hecki which had been reported to hybridize. We found that recreated history consists of the bottleneck, split, and introgression events. Female M. maurus were recorded to have their first infant at 6-6.5 years of age (Okamoto et al 2000). If we take 7 years as the generation time, the bottleneck period of the ancestral population can be said to occur around 417-372 thousand years ago (kya), the speciation started 350 kya, and M. tonkeana introgressed into M. hecki at 30 kya.
論文 Tomo Takano, Masato Nakatsukasa, Marta Pina, Yutaka Kunimatsu, Yoshihiko Nakano, Naoki Morimoto, Naomichi Ogihara, Hidemi Ishida(2020) New forelimb long bone specimens of Nacholapithecus kerioi from the Middle Miocene of northern Kenya Anthropological Science 128(1):27-40. 謝辞なし
学会発表 Hirasaki E, Sellers WI. Impotance of the pollex during locomotion in Japanese macaques: an analysis of hand pressure distribution.(2020.12) Primate Society of Japan(Online).
The comparative biomechanics of the primate hand
William Sellers
The restrictions on travel imposed by the COVID-19 pandemic meant that we had to change our plans for our 2020 research program since it was not possible to travel to PRI to collect experimental data as originally intended. Instead, we focussed on a virtual primatology project using data that we had obtained from PRI in previous years. Our planned project was to quantify the finger movements in primate hands during locomotor and manipulation tasks, so instead we turned our attention to how such actions could be controlled. The ultimate aim of producing such a control system is that it can be used as a way of quantifying the manipulative and locomotor abilities of fossil primates. We used our previously published chimpanzee computer simulation (Sellers & Hirasaki 2018) and created a novel, heuristic based targeting system. This targeting system allows us to calculate the desired muscle lengths required to move a location on the hand to any specified reachable point in the local environment. With this information we can use standard length control algorithms to activate the limb musculature to produce the movements of the arm required to achieve the desired action. This overcomes the problems associated with having very many more muscles than degrees of freedom at the joints, and the many possible ways of achieving a desired reach action. We tested our ideas in our chimpanzee simulation and were able to demonstrate high quality positional control in reach tasks at the ESHE 2020 virtual conference. In addition, we were able to combine our limb position control system with a general quadrupedal locomotion controller to produce a drivable chimpanzee walking model capable of starting, stopping and turning corners. Whilst currently not very efficient, or indeed stable, this fully controlled simulation demonstrates the possibility of taking any primate skeletal morphology and generating control patterns for a range of locomotor performances. For the very first time we have moved beyond steady state, fixed speed locomotion, and there is a reasonable chance that this approach can be used to generate a much larger range of primate locomotor and manipulation activities including climbing and foraging tasks. We intend to pursue this approach by replacing our chimpanzee model with a much more challenging to control Japanese macaque model and collecting further experimental data at PRI to confirm the accuracy of our simulations. Being forced to work under the difficult conditions imposed by lockdown measures has potentially led to a significant breakthrough for primate musculoskeletal studies and palaeobiological reconstruction.
学会発表 Akiko Kato, Munetaka Naitoh, Koji Inagaki, Eishi Hirasaki, Shintaro Kondo, Masaki Honda. Analysis of alveolar bone loss and molar occlusal angle in Japanese macaques(2021年3月28日) 第126回 日本解剖学会総会・全国学術集会(名古屋).
本研究課題では、ヒト特有の高次機能をもたらす分子機構とその破綻こそがアルツハイマー病等の神経変性疾患の原因であるという仮説のもとに、チンパンジーとヒトの脳神経系細胞の違いを同定するため、チンパンジーおよびヒトのiPS細胞から作製した脳神経系細胞の比較解析を目的としている。 これまで、ヒトiPS細胞およびチンパンジーiPS細胞から二次元培養により神経細胞を分化誘導し、免疫染色による神経細胞マーカーの解析を行った。また、三次元培養による脳オルガノイドの作製を行った。平面微小電極アレイ計測システム(MED64-Basic、Alpha Med Scientific)を用いた神経活動の評価を行なった。 これらの神経系細胞を用いたモデルの比較解析により霊長類神経系の機能解明とヒト疾患解析への応用が有用である可能性が考えられた。
R2-B62 代:長谷 和徳 協:吉田 真 協:羽賀 雄海
自律的に歩容遷移を行うマカク四足歩行モデルの開発
R2-B63 代:鈴木 郁夫
大脳皮質進化と関連するヒト固有遺伝的プログラムの探索
論文 Elisa De Franco, Maria Lytrivi, Hazem Ibrahim, Hossam Montaser, Matthew N Wakeling, Federica Fantuzzi, Kashyap Patel, Céline Demarez, Ying Cai, Mariana Igoillo-Esteve, Cristina Cosentino, Väinö Lithovius, Helena Vihinen, Eija Jokitalo, Thomas W Laver, Matthew B Johnson, Toshiaki Sawatani, Hadis Shakeri, Nathalie Pachera, Belma Haliloglu, Mehmet Nuri Ozbek, Edip Unal, Ruken Yıldırım, Tushar Godbole, Melek Yildiz, Banu Aydin, Angeline Bilheu, Ikuo K. Suzuki, Sarah E Flanagan, Pierre Vanderhaeghen, Valérie Senée, Cécile Julier, Piero Marchetti, Decio L Eizirik, Sian Ellard, Jonna Saarimäki-Vire, Timo Otonkoski, Miriam Cnop, Andrew T Hattersley(2020) YIPF5 mutations cause neonatal diabetes and microcephaly through endoplasmic reticulum stress Journal of Clinical Investigation 130(2):6338-6353.
学会発表 Ikuo K. Suzuki 脳発達から人間性の起原を探る(2020.09.01) 第22回日本進化学会(オンラインミーティング(沖縄)).
論文 Autio JA, Glasser MF, Ose T, Donahue CJ, Bastiani M, Ohno M, Kawabata Y, Urushibata Y, Murata K, Nishigori K, Yamaguchi M, Hori Y, Yoshida A, Go Y, Coalson TS, Jbabdi S, Sotiropoulos SN, Kennedy H, Smith S, Van Essen DC, Hayashi T. (2020) Towards HCP-Style macaque connectomes: 24-Channel 3T multi-array coil, MRI sequences and preprocessing. Neuroimage 215:116800.
Hori K, Yamashiro K, Nagai T, Shan W, Egusa SF, Shimaoka K, Kuniishi H, Sekiguchi M, Go Y, Tatsumoto S, Yamada M, Shiraishi R, Kanno K, Miyashita S, Sakamoto A, Abe M, Sakimura K, Sone M, Sohya K, Kunugi H, Wada K, Yamada M, Yamada K, Hoshino M.(2020) AUTS2 regulation of synapses for proper synaptic inputs and social communication. iScience 23: 101183.
Ishishita S, Tatsumoto S, Kinoshita K, Nunome M, Suzuki T, Go Y, Matsuda Y. (2020) Transcriptome analysis revealed misregulated gene expression in blastoderms of interspecific chicken and Japanese quail F1 hybrids. PLoS One. 15: e0240183.
Hiraga K, Inoue YU, Asami J, Hotta M, Morimoto Y, Tatsumoto S, Hoshino M, Go Y, Inoue T.(2020) Redundant type II cadherins define neuroepithelial cell states for cytoarchitectonic robustness. Commun Biol. 3: 574.
Kishida T, Toda M, Go Y, Tatsumoto S, Sasai T, Hikida T. (2021) Population history and genomic admixture of sea snakes of the genus Laticauda in the West Pacific. Mol Phylogenet Evol. in press.
Labuguen R, Matsumoto J, Negrete S, Nishimaru H, Nishijo H, Takada M, Go Y, Inoue K, Shibata T.(2021) MacaquePose: A novel ‘in the wild’ macaque monkey pose dataset for markerless motion capture Frontiers in Behavioral Neuroscience in press.
胚発生初期に生じる始原生殖細胞 (Primordial germ cells: PGC) はすべての生殖系列の源である。生殖細胞が生じると考えられる妊娠初期のヒト胚は倫理的・実際的に直接解析することが困難であるため、これまで多くの研究がマウスの胚を用いて進められてきた。しかしながら、近年、PGC の発生機構にはマウスとヒトで差異があることが判ってきており、よりヒトに近いモデルを用いてそのメカニズムを明らかにすることが、その理解に重要であると考えられる。そこで本研究では、ヒトに最近縁の霊長類であるチンパンジー由来の iPS 細胞を用いて、PGC が生じる過程を in vitro で再構築し、その成熟化、あるいは配偶子形成能を評価することのできる系の確立を目指してきた。前年までの共同研究において、所内対応者の今村公紀先生から分与いただいたチンパンジー iPS 細胞から PGC を分化誘導することに成功し、そのトランスクリプトームは先行研究にあるヒトの PGC と極めて近いことが明らかになった。本年度は、汎用な実験動物をレシピエントとして、移植によりその動物の体内で配偶子 (精子・卵子) を作れるかを検証するための実験系の構築を行った。まずドナーとなるチンパンジー iPS 細胞は、移植後の動態を追跡するため、全身で mClover2 を発現するようなプラスミドを導入した。またレシピエントには、生殖細胞を完全に欠損する Prdm14 KO ラットの新生児を用い、その精細管への細胞移植系を確立した。特に同種であるラットの PGC をドナーとした場合、ドナー由来の精子形成を観察することができたことから、チンパンジー iPS 細胞由来の PGC を評価する実験系として利用できることが期待される。
R2-B68 代:栗田 博之
ニホンザルにおける母親の栄養状態と乳児の成長との関連性について
ニホンザルにおける母親の栄養状態と乳児の成長との関連性について
栗田 博之
当初計画では、霊長類研究所にて、乳児と母親の生体計測を麻酔下で実施する予定であったが、新型コロナウイルス感染拡大防止のため、動物実験を中止し、大分市高崎山自然動物園にて餌付けされているニホンザル群における乳児の体重測定と母親の体重及び体長の測定に、研究費を充てさせていただいた。 具体的には、高崎山ニホンザルB群及びC群を対象として、2020年6月から8月までの間に出生した11個体(オス:4個体;メス:7個体)の体重を、捕獲せずに上皿自動秤に載せる方法によって縦断的に測定した。それによって得られた体重値に基づき、Kurita et al. (2012, Anthropol. Sci., 120(1), 33-38)の方法によって「離乳時体重」と定義する180日齢時体重を算出した。また、母親の栄養状態を評価するために、2020年9月に写真計測法(Kurita et al., 2012, Primates, 53, 7-11)によって母親の頭臀長を測定(厳密にはこの時には撮影のみ)し、同年10月に上皿自動秤を用いて母親の体重を測定した。 上記の方法によって得られた180日齢時体重は、11個体の平均値が 1,327 g であり、範囲は 1,050~1,600 g であった。母親の10月時体重は、平均値が 8,394 g であり、範囲は 7,570~9,400 g であった。なお、母親の頭臀長については、今後、撮影したデジタル写真データをパソコンに取り込み、Image Jを用いて算出する予定である。また、母親の栄養状態については、将来的に、体重と頭臀長から算出される体格指数を考案し、それによる評価を行う予定である。
Study on phylogeography of highland macaques and langurs in Nepal
Study on phylogeography of highland macaques and langurs in Nepal
Mukesh Chalise
Due to the pandemic of Covid-19, I could not visit the Primate Research Institute, Kyoto University, so I could not carry out the planned experiment for phylogeography of Nepal Assamese macaques. Therefore, we had a meeting by email with Dr. Tanaka, the corresponding researcher, about the further sampling and experiment for phylogeography of Assamese macaques, and the application for Cooperative Research Program in 2021.
Kakiuchi, K., Asakawa, M.(共同筆頭), Ishiniwa, H., Tamaoki, M. and Onuma, M.(2021) Temporal change in the parasite fauna of the large Japanese field mouse Apodemus speciosus in the radioactive contaminated zone of Fukushima. Jpn. J. Zoo Wildl Med. 26(1):1-5. 謝辞あり
The dental phenotype of anthropoid primate hybrids: Evidence from Macaca fuscata x M. cyclopis
論文 Emma Ayres Kozitzky( 2021) The Impact of Hybridization on Upper First Molar Shape in Ro-bust Capuchins (Sapajus nigritus x S. libidinosus) Dental Anthropology Journal 34( 1).
学会発表 Emma Ayres Kozitzky Does Molar Shape Distinguish Robust Capuchin Hybrids (Sapajus nigritus x libidinosus) From Non-Hybrids? A 2D Geometric Morphometric Approach( 2020) American Association of Physical Anthropologists( JW Marriott Los Angeles).
Emma Ayres Kozitzky December 4, 2020( Postcanine tooth shape and morphological integration in hybridizing baboons) New York Consortium in Evolutionary Primatology(City University of New York Graduate Center).
The dental phenotype of anthropoid primate hybrids: Evidence from Macaca fuscata x M. cyclopis
Emma Kozitzky
Because of the COVID-19 pandemic, I was unable to visit Kyoto University to complete any part of the project outlined in my application to work with the Cooperative Research Program. However, I did re-apply to the program and received funding for the project 2021-B-19 "The dental phenotype of anthropoid primate hybrids: Evidence from Macaca fuscata and M. cyclopis" with the help of host researcher Eishi Hirasaki. I will collect photographs, linear measurements, and 3D surface scans of the dentitions of these taxa and their hybrids from November to December of 2021. The data derived from this project will be part of my PhD dissertation, which I aim to complete in the winter of 2022.
学会発表 Fujihara M, Inoue-Murayama M. Ovarian tissue cryopreservation for female fertility preservation in wild animals. (October 25, 2020) 13th International Virtual Conference of Asian Society of Conservation Medicine(Online).
Comparative molecular analysis of primate embryonic development using iPSCs
Comparative molecular analysis of primate embryonic development using iPSCs
Cantas Alev
During the last fiscal year (FY2020) collaborative work between the Alev-lab at ASHBi and Imai-lab at the PRI was initiated. Non human primate (NHP) fibroblasts (of different great ape-species) have been provided by Dr. Imai as part of this collaborative interaction to tha Alev-lab. They will be used to generate NHP induced pluripotent stem cells (iPSCs).These NHP iPSCs will be used to establish and analyze in vitro models of primate embryonic development. Despite the ongoing virus pandemic online/virtual meetings between Dr. Imai and Dr. Alev have been continuing. During these meetings active discussions were made in preparation of joint scientific research as well as joint grant applications, includng an application for a Transformative Research Type A grant, which is lead by Dr. Alev. We are confident that the initiated collaborative interactions between both labs will continue to grow in future and contribute to an overall better understanding of human and non-human primate biology.
Analysis polymorphism of short tandem repeat in Gorilla
Analysis polymorphism of short tandem repeat in Gorilla
Samuel Refetoff , Takashi Yoshimura, Junfeng Chen
研究代表者はこれまで一貫して甲状腺に関する研究を行ってきた。また、研究協力者は鳥類や哺乳類の甲状腺刺激ホルモン(TSH)に関する研究を行ってきた。研究代表者は最近、血液中の甲状腺刺激ホルモンが高値を示す「高TSH血症」の患者の遺伝解析を行ったところ、ゲノム中に存在する縦列型反復配列(short tandem repeat: STR)の多型が血液中のTSH濃度と関連することが示唆された。同じ霊長類のニシゴリラにおいても同様な縦列型反復配列が存在することが明らかになったため、研究協力者とともに、本共同利用研究で提供していただいたニシゴリラのDNAをもとにゴリラの縦列型反復配列の多型を明らかにした。今後はさらに個体数を増やすために、他の個体についても検討することで縦列型反復配列の多型と血中TSH濃度の関係が明らかになることが期待される。
マカク雄生殖腺および副生殖腺組織におけるACE2受容体免疫陽性細胞を観察した結果、精巣のライディッヒ細胞、セルトリ細胞がACE2受容体免疫陽性であった。同様にTMPRSS2免疫陽性細胞を観察した結果、精巣のライディッヒ細胞、セルトリ細胞、精原細胞、精巣上体頭部・体部・尾部にある精巣上体管周囲の上皮細胞、精嚢、前立腺および尿道球腺の腺腔を囲む上皮細胞がTMPRSS2免疫陽性であった。 Western blotting法によりACE2受容体およびTMPRSS2発現組織を同定した結果、抗ACE2受容体抗体でバンドが観察された組織は精巣のみであり、抗TMPRSS2抗体でバンドが観察された組織は精巣、精巣上体頭部・体部・尾部、精嚢腺、前立腺、尿道球腺であった。また、RT-PCR法によりmRNA発現組織を同定した結果、ACE2受容体mRNA発現組織は精巣のみであり、TMPRSS2 mRNA発現組織は精巣、精巣上体頭部・体部・尾部、精嚢腺、前立腺、尿道球腺、陰茎であった。 以上より、繁殖期のマカク生殖腺・副生殖腺においてACE2受容体とTMPRSS2が共発現している細胞は精巣のライディッヒ細胞とセルトリ細胞であることが明らかとなった。この結果は、SARS-CoV2が精巣のこれら細胞に感染し、造精機能障害や男性ホルモン分泌障害を引き起こす恐れのあること、さらには精子と混ざる前の精槳にはSARS-CoV2が存在しないことを示唆するものである。